Scadenza per la sottomissione delle domande: 3 settembre 2021

Per info consultare il bando al link: https://s3-eu-west-1.amazonaws.com/scienze-public/attachments/files/000/005/132/original/Rep_64_2021_-_Imperi_-_XenoBac_signed.pdf?1626700593

È indetto un concorso pubblico per titoli ed esame-colloquio per l'attribuzione di n. 1 assegno per lo svolgimento di attività di ricerca, di durata annuale e rinnovabile nei termini di legge, a candidati in possesso del titolo di dottore di ricerca conseguito in Italia o all’estero, o titolari di laurea (di II livello o conseguita secondo l’ordinamento precedente all’entrata in vigore del D.M. 509/99) purché in possesso di curriculum scientifico professionale idoneo allo svolgimento dell’attività di ricerca.

È in ogni caso escluso che l’assegno di ricerca possa essere conferito a candidati che siano nel contempo dottorandi di ricerca o assegnisti di ricerca o ricercatori a tempo determinato. L’importo lordo annuo dell’assegno (come riportato al successivo art. 2) è comprensivo degli oneri a carico del Dipartimento ed è corrisposto in rate mensili, rapportate al periodo di effettivo servizio, al netto delle ritenute e degli oneri di legge.

Agli assegni di ricerca si applicano:
- in materia fiscale, le disposizioni di cui all'articolo 4 della legge 13/08/1984, n. 476;
- in materia previdenziale, quelle di cui all'articolo 2, commi 26 e seguenti, della legge 08/08/1995, n. 335, e successive modificazioni;
- in materia di congedo per malattia, l'articolo 1, comma 788, della legge 27/12/2006, n. 296, e successive modificazioni;
- in materia di astensione obbligatoria per maternità, le disposizioni di cui al decreto del Ministro del lavoro e della previdenza sociale 12/07/2007, pubblicato nella Gazzetta Ufficiale n. 247 del 23/10/2007. Nel periodo di astensione obbligatoria per maternità, l'indennità corrisposta dall'INPS ai sensi dell'articolo 5 del citato decreto 12/07/2007 è integrata dall'università fino a concorrenza dell'intero importo dell'assegno di ricerca.

Oltre alle fattispecie contemplate e regolate dalle predette disposizioni normative, l'assegnista ha la possibilità di sospendere l'attività per un periodo predeterminato (al termine del quale l’assegno dovrà riprendere o sarà definitivamente interrotto). La sospensione, su richiesta motivata dell’interessato, corredata di nulla osta del docente responsabile della ricerca, è approvata con delibera motivata del Consiglio di Dipartimento, dalla quale dovrà risultare il consenso del Dipartimento alla sospensione dell’attività di ricerca cui l’assegno fa riferimento, con la dichiarazione che tale sospensione non pregiudica l’efficace svolgimento delle attività di ricerca svolte dall’assegnista.

In tutti i casi di sospensione dell’attività, per la quale dovrà essere fornita la motivazione, l’erogazione dell’assegno è immediatamente interrotta fino alla data di ripresa delle attività, certificata dal Direttore del Dipartimento. In tali casi il termine del rapporto per lo svolgimento dell’attività di ricerca è prorogato, con apposita dichiarazione del Direttore del Dipartimento, per un periodo di durata corrispondente al periodo di sospensione.

Nel caso di definitiva interruzione dell'attività di ricerca per cause di incompatibilità o per espressa rinuncia dell'assegnista o per altra causa, per le quali dovrà essere espressa la motivazione, la rata mensile dell'assegno sarà erogata in misura proporzionale fino alla decorrenza giuridica dell'accertata incompatibilità o della rinuncia formulata.

Per info consultare il bando al link: https://s3-eu-west-1.amazonaws.com/scienze-public/attachments/files/000/005/132/original/Rep_64_2021_-_Imperi_-_XenoBac_signed.pdf?1626700593

Presso il Dipartimento di Scienze dell’Università Roma Tre, nel laboratorio di Microbiologi Molecolare diretto dal Prof. Paolo Visca (E-mail: paolo.visca@uniroma3.it; Skype: paolo.visca; https://orcid.org/0000- 0002-6128-7039) sono disponibili posizioni di Dottorato di Ricerca e un assegno di ricerca pluriennale per ricerche in tema di genomica funzionale di procarioti.

I candidati per le posizioni di dottorato di ricerca devono essere in possesso di laurea magistrale attinente al tema generale della ricerca (Biologia con indirizzo bioinformatico, Bioinformatica, Fisica con indirizzo biofisica, Ingegneria informatica, Informatica ecc.) e devono avere maturato una esperienza pratica in ambito bioinformatico durante la preparazione della tesi magistrale. Specifiche competenze richieste: Uso di ambienti linux e almeno un linguaggio di programmazione (Perl, Python, R); conoscenza di procedure bioinformatiche di analisi dati, banche dati biologiche e accesso programmatico a tali risorse; esperienza nell’analisi di dati da next generation sequencing.
La durata del dottorato è 3 anni e l’importo mensile della borsa è circa 1.150 euro. Il bando di concorsuale si apre a giugno di ogni anno.

I candidati per la posizione di assegno di ricerca pluriennale devono avere svolto un dottorato di ricerca strettamente attinente al tema generale della ricerca, documentato da adeguate pubblicazioni scientifiche. Specifiche competenze richieste:
Oltre alle competenze sopra indicate per i dottorandi, si richiede esperienza documentabile nell’analisi di dati “omics”, in particolare resequencing, de novo sequencing, analisi metagenomica (16S e ITS) e conoscenza di procedure bioinformatiche di analisi dati (es.: paired-end reads alignment, data filtering, variant calling). Costruzione e analisi di MAGs (metagenome-assembled genomes). Esperienza in assembly e annotazione di genomi batterici. Esperienza nell’analisi di resistenze batteriche, elementi trasponibili, plasmidi e analisi filogenetica. Esperienza nello sviluppo di pipeline di bioinformatica. Classificazione tassonomica, studi di genomica comparativa.

La durata dell’assegno è annuale rinnovabile fino a un massimo di 6 anni e l’importo del salario mensile varia da circa 1.450 circa 1.600 euro. Il bando di concorsuale sarà a ottobre 2021 (pubblicazione sul sito https://app.scienze.uniroma3.it/acts?typology=4).

Per contatti preliminari fare riferimento al responsabile delle ricerche Prof. Paolo Visca
(https://orcid.org/0000-0002-6128-7039):
E-mail: paolo.visca@uniroma3.it
Skype: paolo.visca

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E’ stato pubblicato all’indirizzo https://apps.uniroma3.it/public/bando2021/ il bando per accedere al 37mo ciclo del Corso di Dottorato di Ricerca in Scienze e Tecnologie Biomediche dell’Università Roma Tre. Il bando prevede posizioni nei settori della Microbiologia, Biotecnologie Microbiche, Virologia (Proff. Affabris, Imperi, Leoni, Rampioni, Visca). Il bando chiuderà alle ore 14.00 del giorno giovedì 22 luglio 2021.

Per eventuali informazioni contattare il Coordinatore del Dottorato Prof. Paolo Visca paolo.visca@uniroma3.it o la segreteria del Dottorato dottorato.scienze@uniroma3.it.

We are currently seeking applications for two post-doctoral positions relating to the functional and comparative genome analysis of lactic acid bacteria and bifidobacteria.
The existing research team comprises a large, dynamic and high-achieving group of post-doctoral researchers, PhD students and research assistants, and is embedded within the School of Microbiology and APC Microbiome Ireland with associated state-of-the-art equipment and infrastructure. Details of the two available positions are presented below.

1. Post-doctoral researcher (2-year contract) Bifidobacterial genomics and bioinformatics
The ideal candidate for this post, which will be specifically associated with the BioIT platform of APC Microbiome Ireland, will have a under- and/or postgraduate degree in bioinformatics and/or possess a PhD degree with extensive bioinformatics skills pertaining to ‘omics’ data, such as comparative genomics, metagenomics, transcriptomics and/or metabolomics, ideally in the context of gut microbiota or other complex microbial consortia. Relevant bioinformatics experience, and associated expertise and skills should be supported by a corresponding publication track record in peer-reviewed scientific journals and/or be demonstrated through other means of knowledge transfer.
Applications for this position (Job ID: 044911) can be made through the following link: https://my.corehr.com/pls/uccrecruit/erq_search_package.search_form?p_company=5023&p _internal_external=E

2. Post-doctoral researcher (18 month contract) BacTrans: Natural DNA transfer systems for bacterial starter cultures
BacTrans is an industry-partnered project that aims to identify and exploit natural DNA transfer systems including, but not limited to, conjugation and phage-mediated transduction. The objective of this study is to develop novel and technologically robust strains of Lactococcus lactis and Streptococcus thermophilus, particularly with respect to phage-resistance, for commercial use as so-called starter cultures in the dairy and fermented (functional) food industries.
The project will involve identification and molecular characterisation of phageresistance and DNA transfer systems. Applicants should ideally possess a MSc and PhD degree in biochemistry, genetics, biotechnology, (molecular) microbiology or related discipline, and have a corresponding publication track-record.
The post-doctoral researcher is expected to be directly involved in the research activities of the BacTrans project including execution of individual project goals and guidance of PhD students to ensure the timely execution of the project goals, while also contributing the communication of the research findings emanating from the research.
Experience, expertise and skills should ideally be supported by a corresponding publication track record or other means of knowledge transfer. Applications for this position (Job ID: 044371) can be made through the following link: https://my.corehr.com/pls/uccrecruit/erq_search_package.search_form?p_company=5023&p _internal_external=E

For informal information please contact: Prof Douwe van Sinderen (d.vansinderen@ucc.ie) or Dr Jennifer Mahony (j.mahony@ucc.ie).

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We have an opening for a Postdoctoral Fellow to help out with an NIH funded project aimed at the molecular characterization of a bacterial natural product involved in host immune interaction. You will join the Claesen group at the Cleveland Clinic Lerner Research Institute and Center for Microbiome and Human Health. Visit our lab website to meet us: https://claesengroup.org/

Our group’s aim is to functionally characterize molecular mechanisms that control bacterial interspecies and microbe-host interactions in the human microbiome. Bacteria use small molecule chemicals to mediate these interactions and the genetic information required for their production is typically encoded in one physical location of the bacterial chromosome, in biosynthetic gene clusters (BGCs). Using in silico techniques, we identified several widespread families of BGCs that we are now characterizing experimentally, prioritizing on the BGCs predicted to be involved in modulation of community composition or interaction with the host immune system. Our research will contribute to a better mechanistic understanding of the microbes that live in our body, leading to the discovery of druggable small molecules, new targets for antibacterial therapy and beneficial bacterial strains that can be employed for intervention therapies.

Your profile
You will have (or are close to obtaining) a PhD degree in a relevant (bio)chemical or biological subject and a good publication record in peer-reviewed scientific journals. You’re a motivated and creative scientist with hands-on experience in analytical chemistry, (bio)synthesis, biochemical assays and standard microbiological techniques. You’re interested in learning more about microbial genetics, mouse infection/colonization models or microbiome science.

About us
The areas of expertise in the Claesen group include microbiology, bacterial genetics and synthetic biology, small molecule biosynthesis and biochemistry, and animal models for microbiome studies of metabolic disease and cancer development. We provide a stimulating, multidisciplinary training environment that will assist you in your successful scientific development. You will receive a competitive salary and benefits package, and have access to state-of-the-art core facilities in the Lerner Research Institute (http://www.lerner.ccf.org/), as well as plenty of opportunities for clinical collaboration at the Cleveland Clinic, the #2 Hospital in the Nation. Cleveland living is affordable and family friendly, offering a range in activities that include an amazing nature parks, museums, major professional sports teams, an extensive theater district and blooming microbrewery scene.

How to apply
Contact Dr. Jan Claesen (claesej@ccf.org) for more info. To apply, please email your CV, a brief summary of research interests (no more than 2 pages) and contact information for 3 references.

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We are looking for a highly motivated and self-driven postdoctoral researcher to add to our Molecular Microbiology Unit at the Department of Biology and Biotechnology “Lazzaro Spallanzani” at the University of Pavia (Italy). The position corresponds to a 1 year-fellowship (“Assegno di ricerca di tipo B”), possibly renewable for 4 years and available from May-June 2021.

Our Unit has a recognized experience in the study of the mechanism of action and of resistance of new antitubercular drugs. Tuberculosis remains the leading cause of mortality due to a bacterial pathogen, Mycobacterium tuberculosis. Moreover, M. tuberculosis drug-resistant strains are becoming a threat to public health worldwide.